Here is the part of chromosome X, SNP genotyping result from Hapmap project
1. How many haplotype blocks in this region of Chromosome X?
2. Could you find out the tagging SNP in each haplotype block?
step by step
1. เปิดโปรแกรม Haploview 4.0 ซึ่งสามารถ download โปรแกรมดังกล่าวได้จาก http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/download.php โดยโปรแกรมดังกล่าวต้องการโปรแกรม java ในการทำงานควบคู่ไปด้วย
2. เมื่อเปิดโปรแกรม Haploview จะพบหน้าต่าง Welcome to HaploView
3. ที่หน้าต่าง Welcome to HaploView เลือกที่คำสั่ง HapMap Download
3.1 ตั้งค่า Release เป็น 21
3.2 เลือก Chromosome ที่ต้องการศึกษา ซึ่งในที่นี้คือ Chromosome X
3.3 ตั้งค่า Analysis Panel เป็นการเลือกกลุ่มประชากรที่ต้องการศึกษา ซึ่งมีรายละเอียดดังนี้YRI: Yoruba in Ibadan, NigeriaJPT: Japanese in Tokyo, Japan,CHB: Han Chinese in Beijing, China,CEU: CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe)
3.4 เลือกกลุ่มประชากรที่ต้องการศึกษา ซึ่งในที่นี้เลือก CHB+JPT จากนั้นกดเลือก ok เพื่อเริ่มต้นการทำงาน
4. หลังจากที่โปรแกรมทำงานจะปรากฏหน้าต่าง Check Markers
5. จากนั้นเลือกที่หน้าต่าง Haplotypes หรือที่หน้าต่าง LD Plot ซึ่งจะแสดงผลลัพธ์ดังภาพ
1. How many haplotype blocks in this region of chromosome X?
Answer: มีทั้งหมด 3 block ซึ่ง marker มีดังนั้ ID 8 -9 (rs90805 - rs979848), ID 13 -17 (rs1548474 - rs1877923) และ ID 24 -29 (rs1795683 - rs1634656)
2. Could you find out the tagging SNP in each haplotype block?
ภายหลังจากได้ผลลัพธ์ในหน้าต่าง Haplotypes เพื่อแสดง Tagging SNPในแต่ละ haplotype block โดยเลือกคำสั่ง Display แล้วกดเลือก Show tags in blocks จะปรากฏดังภาพ
Answer : tagging SNPs สำหรับ haplotype block 1 มี GAG และ ATT ของ markers 8 และ 9, haplotype block 2 มี GTT และ TTG ของ markers 13 และ 15, haplotype block 3 มี CCG และ GAG ของ markers 24 และ 27.
ไม่มีความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น